Bei Routinekontrollen des Gesundheitsamtes Leipzig waren am 8. August 2014 überhöhte Werte des Umweltkeimes Pseudomonas festgestellt worden. Bei Pseudomonaden handelt es sich um einen potentiellen Krankheitserreger, der unter Umständen Haut- und Gehörgangsentzündungen auslösen kann. Pseudomonaden sind weitverbreitet und können bei starker Nutzung von Badebecken durch Badegäste Probleme bereiten. Die vorgeschriebenen Hygienehinweise in den Freibädern sind daher unbedingt zu beachten.
Jeder Badegast kann mit seinem Nutzungsverhalten die Wasserqualität beeinflussen. Verunreinigungen durch Pseudomonaden werden üblicherweise mit einer hoch dosierten Chlorbehandlung bekämpft. Im Ökobad Lindenthal ist dies nicht möglich, da der natürliche Selbstreinigungsmechanismus des Badeteiches beachtet werden muss.