Blaualgen können Giftstoffe bilden, die wiederum Übelkeit, Erbrechen, Durchfall, Atemnot, Hautreizungen oder Quaddeln auf der Haut verursachen können. Die Wirkung kann sich steigern, wenn an mehreren Tagen hintereinander algenhaltiges Wasser geschluckt wird.
Hauptgrund für die Blaualgenbildung im Auensee ist der hohe Nährstoffgehalt des Wassers. Eine hohe Lichtintensität und anhaltend hohe Temperaturen begünstigen außerdem das Wachstum in stehenden Gewässern, welche dann eine intensive grünliche bis bläuliche Pigmentierung aufweisen. Zeitweilig erscheinen die Algen auch als Schlieren oder Teppiche an der Wasseroberfläche.