Seit 2015 werden jedes Jahr zwischen dem Palmengartenwehr und der Zeppelinbrücke Sedimente aus dem Elsterbecken entfernt. In diesem Jahr sollen rund 15.000 Tonnen aus dem Becken gebaggert werden. Mit Hilfe von schwimmenden Arbeitsplattformen (Pontons) und einem Schubboot werden die Ablagerungen zur Umschlagstelle im Bereich der Landauer Brücke transportiert. Von dort werden sie mit LKWs zu Absetzbecken in Großzschocher gebracht.
Das Elsterbecken in Leipzig wurde 1925 zum Schutz vor Hochwasser gebaut. Aufgrund der geringen Fließgeschwindigkeit haben sich dort große Mengen Sedimente abgelagert. Um das Becken zu entschlammen und wieder etwas zu vertiefen, wurde ein Teil der Ablagerungen immer wieder ausgebaggert. Beim letzten großen Hochwasser 2013 wurden erneut rund 80.000 Tonnen Sand und Kies in das Becken gespült.